10 września 1861 płk James A. Mulligan przybył, by objąć komendę na czele 23. Ochotniczego Pułku Illinois. Następnego dnia dołączyły (zmuszone do opuszczenia Warrensburga wobec zbliżania się sił Price’a) 13. pułk piechoty z Missouri, batalion rezerwowy Van Horna i 27. pułk dragonów z Missouri. Mulligan dysponował więc obecnie 3500 ludźmi i natychmiast przystąpił do budowy umocnień polowych wokół zabudowań miejscowej Szkoły Masońskiej. Żołnierze ścinali drzewa dla budowy stanowisk strzeleckich i kopali szańce wokół budynków internatu i szkoły. Przełożeni Mulligana zapewnili mu dalsze uzupełnienia pod dowództwem Samuela Sturgisa, z którymi Mulligan miał nadzieję dobrze obsadzić i utrzymać pozycje, ale oddział ten wpadł w zasadzkę Konfederatów (zaalarmowanych drogą telegraficzną) i zmuszony został do wycofania..
Pierwsze starcie Price i jego armia przybyli pod Lexington 11 września. Jednakże nie uderzyli od razu, co pozwoliło Unionistom na dokończenie prac fortyfikacyjnych, które teraz nie były wcale łatwe do zdobycia.