15 czerwca 1992 Sąd Apelacyjny w Warszawie utrzymał wyrok kary śmierci w mocy. Tej samej nocy ówczesny minister sprawiedliwości Włodzimierz Cimoszewicz uznał, iż w opiniach biegłych psychiatrów są znaczne rozbieżności. Skazanego skierowano na dodatkowe badania do Collegium Medicum w Krakowie, gdzie stwierdzono znaczne ograniczenie poczytalności w chwili zbrodni. Podczas rewizji nadzwyczajnej 13 października 1993 Sąd Najwyższy uchylił wyrok kary śmierci i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia.
24 lutego 1995 Sąd apelacyjny w Warszawie po zapoznaniu się z opinią biegłych wydał kolejny wyrok w sprawie. Eugeniusz Mazur został skazany na karę 25 lat pozbawienia wolności.
Eugeniusz Mazur udzielił później licznych wywiadów i wystąpił w kilku reportażach telewizyjnych. W jednej z wypowiedzi stwierdził, że nie żałuje Jana Miazka, żałuje natomiast jego rodziny, szczególnie 3-letniej Agnieszki. Ocenił też karę dożywocia jako znacznie gorszą od kary śmierci. Utrzymywał korespondencję z siostrą zakonną z Rzymu.