W 1983 roku wsparł i zezwolił na utworzenie baz sudańskich rebeliantów z Ludowej Armii Wyzwolenia Sudanu, toczących wojnę domową z tamtejszym rządem. Poparcie dla rebeliantów było m.in. odpowiedzią na wsparcie rządu Sudanu dla erytrejskich separatystówGuarak, Mawut Achiecque Mach. Integration and Fragmentation of the Sudan: An African Renaissance. Bloomington, IN: AuthorHouse, 2011. s. 252-253.
W 1986 roku uczestniczył w opracowaniu nowej konstytucji (zatwierdzonej w 1987 roku). Na mocy dokumentu utworzono państwo o nazwie Ludowo-Demokratyczna Republika Etiopii. W 1987 roku odbyły się wybory parlamentarne, a we wrześniu 1987 roku Mengystu został ogłoszony prezydentem republiki. Do końca lat 80. sytuacja kraju ulegała pogorszeniu. Długotrwała susza, połączona z porażką kampanii kolektywizacji, przyczyniła się do klęski głodu lat 1984–1985. Katastrofa humanitarna, połączona z sukcesami zbrojnej rebelii w północnych regionach Tigraju i w Erytrei, nieudanym puczem wojskowym z 1989 roku, czy wycofaniem radzieckiej pomocy, doprowadziła do klęski Mengystu w wojnie domowej. Tracący grunt pod nogami prezydent rozpoczął nieudany proces pokojowy, mający zahamować konflikt. W 1989 roku w Nairobi ruszyły rozmowy między rządem a partyzantami z Erytrei;