Oprócz pracy twórczej Marek Stachowski zajmował się także nauczaniem. Od 1967 prowadził klasę kompozycji w Akademii Muzycznej w Krakowie, od 1981 jako profesor zwyczajny, potem w latach 1993–1999, 2002–2004 pełnił funkcję rektora. Wykładał również kompozycję na kursach w Rubin Academy of Music and Dance w Jerozolimie oraz na letnich kursach w Durham. Prowadził seminaria w ramach Gaudeamus Music Week. Zasiadał w jury wielu konkursów kompozytorskich i wykonawczych, w Polsce m.in. Konkursu im. Krzysztofa Pendereckiego w Krakowie. Wykształcił wielu kompozytorów średniego i młodego pokolenia, absolwentów Akademii Muzycznej im. Krzysztofa Pendereckiego w Krakowie takich jak Maciej Jabłoński (kompozytor), Marcel Chyrzyński, Michał Pawełek, Wojciech Widłak (kompozytor), Wojciech Ziemowit Zych czy Antoni Komasa-Łazarkiewicz oraz sprawował opiekę artystyczną w sposób nieformalny, będąc mentorem dla m.in. Abla Korzeniowskiego i Jacka Wiktora Ajdinovića Upamiętnienie 21 marca 2012 Rada Miasta Krakowa przyjęła uchwałę nadającą jednej z krakowskich ulic imię Marka Stachowskiego. Nazwę ulicy oraz lokalizację w Dzielnicy II Grzegórzki, gdzie Marek Stachowski mieszkał przez ponad 20 lat życia, zaproponowało Stowarzyszenie Artystów Polskich. Inicjatywa została poparta m.in.