Do 1996 roku nadzór nad działalnością w Chorwacji oraz w Bośni i Hercegowinie sprawował Komitet Kraju w Zagrzebiu, działający pod nadzorem Biura Oddziału w Austrii. W tym też roku utworzono czteroosobowy Komitet Oddziału, a 23 października 1999 roku w Zagrzebiu oddano do użytku Biuro Oddziału koordynujące działalność również w Bośni i Hercegowinie. Po wojnie rozpoczęto budowę Sal Królestwa. Jedna z nich powstała w Banja Luce pomimo sprzeciwu serbskiego Kościół prawosławnego, mimo uznania prawnego działalności Świadków Jehowy w Bośni. Budowa Sali w Banja Luce stała się precedensem prawnym ułatwiającym wznoszenie własnych miejsc wielbienia w tej części Bośni i Hercegowiny.
W 2011 roku działalność kaznodziejską prowadziło 1224 głosicieli. Wiosną 2014 roku niemieccy współwyznawcy zorganizowali pomoc humanitarną dla poszkodowanych przez powódź, jaka przeszła przez Bałkany. W 2015 roku Świadkowie Jehowy z Bośni i Hercegowiny wzięli udział w kongresie specjalnym pod hasłem „Naśladujmy Jezusa!”, który odbył się w Zagrzebiu w Chorwacji, a latem 2019 roku w kongresie międzynarodowym pod hasłem „Miłość nigdy nie zawodzi!” w Stanach Zjednoczonych.