Od 1946 duszpasterzem miejscowych ewangelików został ks. Emil Dawid z parafii w Giżycku, który od 1947 rozpoczął czynienie starań u władz o zwrot jednego z kościołów na terenie miasta temu wyznaniu, ponieważ zostali oni pozbawieni tu wszystkich dotychczas użytkowanych przez siebie świątyń. W sprawie tej interweniował również senior diecezji mazurskiej, ks. Edmund Friszke. Dopiero w 1948 Urząd Wojewódzki w Olsztynie postanowił o przeznaczeniu dla nich jedynie kaplicy zakładów opiekuńczych, zlokalizowanej przy ul. Żeromskiego 12, jednak wobec sprzeciwu ks. seniora wobec takiej decyzji, parafia ewangelicka pozostała pozbawiona własnego miejsca prowadzenia nabożeństw.
24 listopada 1952 kościół św. Krzyża został finalnie oddany w użytkowanie parafii ewangelickiej na czas nieokreślony, a uroczystości związane z odzyskaniem obiektu miały miejsce 14 grudnia 1952 i uczestniczył w nich ks. bp. Zygmunt Michelis oraz radca Konsystorza, ks. Robert Fiszkal.