W nielicznych przypadkach, np. w gospodarce rybackiej zakwit wybranych gatunków, na przykład zielenic (Chlorophyta) w stawie hodowlanym, jest korzystny ze względu na zwiększenie ilości pożywienia dla hodowanych ryb (np. organizmów zooplanktonowych odżywiających się glonami tworzącymi zakwit zielenicowy).
Morze Bałtyckie thumb|Zakwit w Morzu Bałtyckim, zdjęcie satelitarne Regularne wiosenno-letnie zakwity są cechą charakterystyczną Morza Bałtyckiego. Zakwity glonów od drugiej połowy XX wieku są stałym poważnym problemem środowiskowym i gospodarczym Bałtyku. Występuje tutaj około 30 różnych gatunków fitoplanktonu, które opisano jako szkodliwe. Można jednak wyróżnić dwa gatunki dominujące, które corocznie formują spektakularne zakwity – są to Aphanizomenon flos-aquae (nietoksyczna sinica, maksimum objętości w okolicach czerwca) oraz Nodularia spumigena (toksyczna sinica, maksimum objętości od lipca). Toksyczne glony i sinice mogą prowadzić do poważnych, a nawet śmiertelnych zatruć zwierząt i ludzi. Odnotowano także toksyczność dla ryb powodowaną przez glony Prymnesium parvum i podejrzewa się, że glony mogą być odpowiedzialne za pomór ptaków i fok w rejonie Zatoki Fińskiej.