Thomas sam wyciągnął strzałę i gdy chirurg zaszył ranę, wrócił do boju.
Wojna secesyjna Wraz z wybuchem wojny secesyjnej trzej przełożeni Thomasa w pułku złożyli rezygnację; byli to Albert Sidney Johnston, Robert E. Lee i William J. Hardee. Wielu pochodzących z Południa oficerów stanęło przed trudnym wyborem: lojalność wobec własnego stanu czy też wobec państwa. Thomas również miał kłopot z dokonaniem właściwego wyboru, ale w końcu postanowił zostać z Unią. Jego pochodząca z Północy żona i osobisty sprzeciw wobec niewolnictwa z pewnością pomogły w podjęciu decyzji. Jego najbliżsi, dowiedziawszy się o tym, odwrócili jego portret twarzą do ściany, spalili jego listy i zerwali wszelkie kontakty (podczas kryzysu ekonomicznego na Południu po zakończeniu wojny, Thomas posłał siostrom nieco pieniędzy, ale te z gniewem odmówiły przyjęcia twierdząc, że nie mają brata). Thomas został więc w armii Unii, ale tu otaczała go lekka nieufność.