Obraz ten odpowiadał wielkością i kształtem wnęce bocznego ołtarza i zastąpił pierwszy obraz pędzla Hyły ofiarowany w 1943 roku jako wotum za ocalenie rodziny z wypadków wojennych. Obraz Jezusa Miłosiernego pędzla Hyły szybko zasłynął łaskami. Jego kopie i reprodukcje rozeszły się po świecie. Jest to najbardziej znany wizerunek obrazu Jezusa Miłosiernego. Od 1959 roku na stałe pozostał w bocznym ołtarzu, przykrywając obraz Serca Jezusowego.
W 1966 roku do świątyni przeniesiono ciało wówczas Sługi Bożej Faustyny. W 1968 kaplica ze względu na grób Sługi Bożej została wpisana przez Karola Wojtyłę na listę sanktuariów archidiecezji krakowskiej. W 1985 roku Jan Paweł II nazwał Łagiewniki „stolicą kultu Miłosierdzia Bożego”, gdyż w tym miejscu wraz ze śmiercią Faustyny został złożony dar orędzia Miłosierdzia, który zapisała w swym „Dzienniczku”. 1 listopada 1992 Franciszek Macharski wydał dekret ustanawiający kaplicę klasztorną pw. św. Józefa Sanktuarium Miłosierdzia Bożego. Od czasu beatyfikacji Siostry Faustyny (1993) jej doczesne szczątki jako relikwie spoczywają na bocznym ołtarzu pod obrazem Jezusa Miłosiernego.