Organy thumb|lewo|Grób pierwszego biskupa diecezji elbląskiej Andrzeja Śliwińskiego oraz drugiego biskupa elbląskiego Jana Styrny w krypcie pod katedrą Pierwsze organy kościół otrzymał w 1397. W 1404 były już dwa instrumenty organowe w staromiejskiej świątyni. Następna wzmianka o nich pochodzi z roku 1453. Organista otrzymał wynagrodzenie za grę na dwu instrumentach – dużym i małym. Przez kilkaset lat organy były przebudowane i zapewne były chlubą głównego kościoła staromiejskiego.
Wiadomo, że w 1777 spłonęły w pożarze kościoła. Po katastrofie zbudowano mały prowizoryczny instrument. W 1803 ówczesny proboszcz kościoła św. Mikołaja – Valentinus Ganswindt pragnąc zbudować nowe organy, sprzedał wiele cennych części wyposażenia kościoła ukrytych w skarbcu. Prawdopodobnie do budowy nowych organów nie doszło. Dopiero następny proboszcz Andreas Rehaag począł starania o nowsze i lepsze organy. Pierwotnie próbowano nabyć organy z rozbieranego właśnie kościoła pojezuickiego w Braniewie, lecz odstąpiono od tej koncepcji zamawiając w Gdańsku u Arendta nowy, 35-głosowy instrument. Prace nad budową trwały od 1818 do 1821. Finansowała je kasa kościelna, lecz i społeczność całego miasta Elbląga, która w formie zbiórki uzbierała 993 talary. Protestancki kupiec Gottfried Schiplick ofiarował na ten cel ogromną sumę 2000 talarów.