Bibliografia jej prac obejmuje prawie 600 pozycji, w tym kilkanaście książek, kilkadziesiąt rozpraw i kilkaset artykułów, z których wiele przetłumaczonych zostało na języki obce.
Zofia Lissa wprowadziła do polskiego piśmiennictwa muzykologicznego nowe podejście do wielu problemów: zrywała z autonomicznym podejściem do utworu muzycznego, rozważała zjawiska muzyczne w ich wzajemnych związkach i podkreślała społeczną funkcję muzyki.
Publikacje Zarys nauki o muzyce, Zakład Narodowy im. Ossolińskich, Lwów 1934 Muzyka i film. Studium z pogranicza ontologii, estetyki i psychologii muzyki filmowej, Księgarnia Lwowska, Lwów 1937 Uwagi o metodzie. Z zagadnień metodologicznych współczesnej muzykologii, PIS, Warszawa 1950 Muzykologia polska na przełomie. Rozprawy i artykuły naukowo-krytyczne [pisane w latach 1947–1951], PWM, Kraków 1952 Niektóre zagadnienia estetyki muzycznej w świetle artykułów Józefa Stalina o marksizmie w językoznawstwie, Kraków 1952 Muzyka polskiego Odrodzenia [współautor: Józef M.