Aby uzyskać drzewo filogenetyczne, według którego Epidexipteryx należał do Avialae, koniecznie jest wydłużenie drzewa o dwa stopnie w stosunku do najbardziej parsymonicznego. Wystarczy natomiast wydłużenie drzewa tylko o jeden stopień w stosunku do najbardziej parsymonicznego, aby uzyskać drzewo, według którego Epidexipteryx był bazalnym owiraptorozaurem; autorzy zaznaczyli, że E. hui budową szkieletu, w tym zwłaszcza budową czaszki, bardzo przypomina bazalne owiraptorozaury. Według odrębnej analizy, w której uwzględniono rodzaj Epidendrosaurus ten rodzaj i Epidexipteryx nie są szczególnie blisko spokrewnione – Epidendrosaurus jest bazalnym przedstawicielem Avialae, zaś Epidexipteryx pozostaje przedstawicielem Paraves nienależącym do Eumaniraptora; wymuszenie, by Epidexipteryx i Epidendrosaurus stały się taksonami siostrzanymi (wewnątrz Avialae) wymaga wydłużenia drzewa filogenetycznego o cztery stopnie w stosunku do najbardziej parsymonicznego.