XVII wiek thumb|left|250px|Plan Twierdzy Zamość z II poł. XVII wieku XVII wiek był okresem największego i najszybszego rozwoju miasta. Wyznaczone parcele zajmowała nie tylko ludność polska, ale również Ormianie, Żydzi, Grecy, w mniejszym stopniu również innej narodowości. Wyrazem tej różnorodności była budowa i obecność w mieście świątyń wyznania rzymskokatolickiego, greckokatolickiego, ormiańskiego, prawosławnego oraz żydowskiego. Zamoyscy tylko w początkowym okresie godzili się na obecność w mieście budynków drewnianych. Docelowo cała zabudowa miała być murowana, a przykładowe kamienice, tak jak i całe miasto, zaprojektował B. Morando.
Pomyślny rozwój miasta został w połowie wieku zahamowany okresem niepokojów wewnętrznych i zewnętrznych nękających Rzeczpospolitą. W okresie od 6 listopada do 24 listopada 1648 roku zamojska twierdza była oblegana przez wojska Bohdana Chmielnickiego, który odstąpił dopiero na wieść o zbliżających się wojskach królewskich.