U-39 – niemiecki okręt podwodny typu IX, pierwszy U-Boot zatopiony podczas II wojny światowej. Okręt został zamówiony przez Kriegsmarine 29 lipca 1936 roku w ramach niemieckiego planu rozbudowy floty. Stępkę jednostki położono w stoczni AG Weser w Bremie 2 czerwca 1937 roku. Zwodowano go 22 września a wcielono do służby 10 grudnia 1938 roku, dowódcą został mianowany Kapitänleutnant Gerhard Glattes.
14 września 1939 roku, podczas pierwszego wojennego patrolu, dowódca U-39 podjął próbę ataku na brytyjski lotniskowiec „Ark Royal”. Wystrzelone torpedy eksplodowały jednak przedwcześnie, co spowodowało kontratak niszczycieli eskorty. Ciężko uszkodzony niemiecki U-39 został zmuszony do wynurzenia; cała 44-osobowa załoga zdołała się ewakuować i została wzięta do niewoli, a sam okręt zatonął.
Zamówienie i budowa 16 listopada 1935 roku dowództwo Kriegsmarine zatwierdziło plan rozbudowy floty, przewidujący między innymi rozpoczęcie prac nad ośmioma jednostkami oceanicznego typu IX. Sytuacja polityczna, związana z remilitaryzacją Nadrenii spowodowała jednak chwilowe wstrzymanie ich budowy. Zamówienie na przyszły U-39 złożono w należącej do koncernu Deschimag stoczni AG Weser w Bremie 29 lipca 1936 roku, zaś budowę rozpoczęto 2 czerwca 1937 roku.