Za bezpośrednią przyczynę śmierci uznaje się upust krwi dokonany przez medyka na dwie godziny przed śmiercią Mozarta.
Śmierć przerwała pracę Mozarta nad mszą żałobną Requiem. Na prośbę żony Mozarta dzieło to dokończyli jego znajomi kompozytorzy, Joseph Eybler i Franz Xaver Süssmayr. W rękopisie Mozarta ostatnie nuty postawione jego ręką przypadają na 8. takt partii wokalnych Lacrimosa.
Długo wierzono, że Mozart zmarł w nędzy i zapomnieniu, pochowany w grobie dla ubogich. W rzeczywistości, choć jego twórczość nie była już tak modna w Wiedniu, w dalszym ciągu otrzymywał jednak znaczące przychody z różnych stron Europy, szczególnie z Czech, a konkretnie z Pragi. Został pochowany w grobie 3 klasy, tak jak większość mieszkańców Wiednia. Pochówek tego typu warunkowały dwa zarządzenia Józefa II z lat 1784–1785, które narzucały poszczególne elementy pogrzebu.
W 1809 r. Konstancja poślubiła duńskiego dyplomatę, Georga Nicolausa von Nissena, który był miłośnikiem dzieł Mozarta i napisał biografię kompozytora.