Zatopiony podczas trzeciego patrolu na Morzu Północnym przez brytyjski niszczyciel HMS „Gurkha” w rejonie Wysp Owczych, na pozycji . „Gurkha” zlokalizował okręt na powierzchni wkrótce po północy 24 lutego 1940 i próbował go staranować, lecz U-Boot zszedł pod wodę. Niszczyciel następnie przeszedł nad nim trzykrotnie, zrzucając 13 bomb głębinowych, które odniosły skutek i U-Boot zatonął nie wynurzając się. Zginęła cała załoga – 42 oficerów i marynarzy.
Przebieg służby 24.06.1939 – 31.08.1939 – 7 Flotylla U-Bootów Wegener w Kilonii (szkolenie) 01.09.1939 – 23.02.1940 – 7 Flotylla U-Bootów w Kilonii (okręt bojowy) 24.02.1940 – zatopiony
Lista zatopionych i uszkodzonych jednostekNa podstawie Ships hit by U-53 w serwisie Uboat.net [dostęp 7-5-2010]: Data Nazwa Państwo Pojemność BRT Patrol 15.09.1939Cheyenne8825 I17.09.1939Kafiristan5193 I11.02.1940Imperial Transport (uszkodzenie)8022 III11.02.1940Snestad (neutr.)4114 III12.02.1940Dalarö (neutr.)3927 III13.02.1940Norna (neutr.)1022 III14.02.1940Martin Goldschmidt (neutr.)2095 III18.02.1940Banderas (neutr.)2140 III