2 ustawy z dnia 17 maja 1989 r., zastępowało postępowanie sądowe i administracyjne oraz przypominało w pewnym stopniu postępowanie polubowne, co znalazło potwierdzenie w uzasadnieniu uchwały z dnia 24 czerwca 1992 r. w sprawie wykładni art. 61 ustawy z dnia 17 maja 1989 przez Trybunał Konstytucyjny. Komisja Majątkowa była rządowo-kościelnym podmiotem, działającym w trybie mediacyjno-polubownym. Z tego względu zapadłe orzeczenia i ugody miały moc prawną równą ugodom przed sądem powszechnym. Od decyzji komisji nie przysługiwało odwołanie, jeśli decyzja zapadła w pełnym składzie. Jeśli Komisja Majątkowa w pełnym składzie nie wypracowała wspólnego stanowiska, pisemnie zawiadamiała uczestników postępowania regulacyjnego, którzy w terminie sześciu miesięcy od zawiadomienia uzyskiwali prawo do wznowienie postępowania sądowego lub administracyjnego, a w przypadku jeśli postępowanie nie było wszczęte, wystąpienia do sądu o zasądzenie roszczenia. Zgodnie z art. 63 ust. 4 ustawy z dnia 17 maja 1989 r. uczestnicy postępowania regulacyjnego mogli przed składem orzekającym zawrzeć ugodę. Jeżeli nie zawarli ugody, zespół wydawał orzeczenie. Szczegółowy tryb postępowania regulacyjnego uregulowany został zarządzeniem Ministra – Szefa Urzędu Rady Ministrów z dnia 8 lutego 1990 r.