W nocy 28/29 września 1944, podczas zasadzki postrzelony w brzuch oraz udo, aresztowany oraz osadzony w obozie Auschwitz-Birkenau, początkowo w bloku szpitalnym (nr 21), po kilku tygodniach w cel nr 21 bloku śmierci (nr 11). Nie załamał się pomimo ciężkich przesłuchań przez gestapo. Wprowadził przesłuchujących w błąd, zeznając że jest oficerem alianckim, właśnie zrzuconym w pobliżu obozu. Po aresztowaniu, Komenda Główna AK wysłała do Sztabu Naczelnego Wodza w Londynie depeszę z propozycją nadania przez BBC komunikatu w jęz. niemieckim, zapowiadającym odwet na oficerach niemieckich znajdujących się w niewoli brytyjskiej, w przypadku śmierci ppor. Stefana Jasieńskiego. Audycja została nadana przez BBC pod koniec października 1944, jednak nie odniosła skutku. Zamordowany w bloku śmierci (nr 11), w niewyjaśnionych okolicznościach, w pierwszych dniach (prawdopodobnie 4 – 7) stycznia 1945. Symbolicznie został upamiętniony na grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 119-5-13/14). thumb|Grób Wandy Komar i symboliczny Stefana Jasieńskiego na cmentarzu Powązkowskim W1965 były więzień KL Auschwitz Karol Świętorzecki, także członek „Arkonii”, podczas wizyty w obozie dostrzegł na drzwiach celi nr 21 w bloku śmierci, jeden z symboli korporacji „Arkonii” – cyrkiel.