W czasie II wojny światowej naziści zamknęli wszystkie kościoły w parafii (włącznie z katedrą). Wierni mogli uczestniczyć w nabożeństwach w jednym z dwóch otwartych dla Polaków kościołów w Poznaniu: św. Wojciecha i Matki Boskiej Bolesnej na Świętym Łazarzu. 9 listopada 1939 roku aresztowano proboszcza ks. Kazimierza Szreybrowskiego, którego osadzono w obozie koncentracyjnym Posen (Fort VII). Tam został zastrzelony 8 stycznia 1940 roku. O tym dramatycznym wydarzeniu przypomina tablica okolicznościowa umieszczona na zewnętrznej ścianie kościoła św. Małgorzaty.
15 lutego 1945 w czasie toczonej Bitwy o Poznań wybuchł pożar w katedrze. Zniszczeniu uległy prawie 2/3 budynku. Powojenna odbudowa świątyni trwała do 1956 roku.
Po zakończeniu działań wojennych administratorem parafii został jej przedwojenny wikariusz – ks. Czesław Pawlaczyk. W 1947 roku został mianowany ojcem duchownym w Arcybiskupim Seminarium Duchownym, a jego miejsce zajął ks. Władysław Kawski. W 1979 roku przy kościele pw. Wszystkich Świętych powołano ośrodek duszpasterski, do którego przyłączono mieszkańców Chwaliszewa – dotychczas przynależących do parafii archikatedralnej. Dwa lata później ustanowiono tamże pełnoprawną parafię.
Miejsca kultu mały|243x243px|Kościół pw. św.