W XVI w. wzrastała pozycja kościoła, przy którym w 1548 r. istniało stowarzyszenie kapłanów Fraternitas Presbyterorianum. W XVI w. utworzono dekanat Latowicz. W 1519 r. Do parafii Latowicz należało 7 miejscowości: Wielgolas, Starogród, Transbór, Oleksianka, Dębe, Waliska i Laliny. W 1522 r. księżna Anna Radziwiłłówna wystawiła na miejscu dawnego kościoła nowy, także pw. św. Anny, z murowanym chórem i czterema kaplicami. Usytuowany był naprzeciw dworu królowej Bony, w miejscu Starego Cmentarza. Spłonął on w 1613 r. i nowy, pw. św. Ducha, drewniany z bloków sosnowych, wybudował w 1629 r. ks. Stanisław Falęcki. Był on usytuowany w środkowej części ulicy św. Ducha.
Na początku XVII w. w Latowiczu poza kościołem parafialnym były jeszcze trzy inne świątynie: kościółek pod tytułem św. Ducha, kościółek pod tytułem św. Wawrzyńca, kościół przyszpitalny św Ducha. Podczas "potopu szwedzkiego" kościół został zrujnowany przez wojska szwedzkie i kozackie.