W 1990, na dwa miesiące przed wyborami, mające kiepskie notowania Partia Pracy postanowiła zastąpić premiera Geoffreya Palmera bardziej medialnym Moore'em. Manewr ten nie zdołał jednak zapobiec klęsce i w listopadzie 1990 – po utracie władzy – został liderem opozycji. Rozstał się z tym stanowiskiem po kolejnych nieudanych wyborach w 1993. Przywódczynią labourzystów została wtedy Helen Clark, ale Moore jeszcze przez sześć lat pozostawał prominentnym parlamentarzystą, pełniąc funkcję rzecznika partii ds. polityki zagranicznej.
W 1999 został dyrektorem generalnym WTO. Jego głównym rywalem podczas ubiegania się o to stanowisko był tajlandzki dyplomata Supachai Panitchpakdi. Ostatecznie obaj panowie zawarli umowę, na mocy której podzielili się sześcioletnią kadencją – przez pierwszą jej połowę dyrektorem był Moore, a w 2002 funkcję przejął Panitchpakdi.
Po odejściu z WTO zajął się głównie pisaniem – jego felietony ukazywały się regularnie w gazetach w pięciu państwach, wydał też dziewięć książek. Jest posiadaczem wysokich odznaczeń wielu państw – przede wszystkim afrykańskich, ale również m.in.