Podczas II wojny światowej zakłady nosiły nazwę Reichsbahn-Ausbesserungswerk Posen i kontynuowały swą działalność przedwojenną. Załoga liczyła wówczas około 4000 osób, z których 90% stanowili Polacy. W 1944 wojska brytyjskie i amerykańskie zbombardowały zakłady, które zostały zniszczone w 40%. Całkowitemu zniszczeniu uległy hala napraw wagonów towarowych i stara hala napraw parowozów. Podczas odwrotu wojsk wroga skradziona została większość obrabiarek i inne urządzenia.
Okres przedsiębiorstwa państwowego (1945–1995) thumb|upright|Naprawa taboru spalinowego w halach zakładu 12 lutego 1945 zakłady wznowiły działalność naprawczą taboru PKP pod przedwojenną nazwą, a przez kolejne dwa lata były odbudowywane. Zakłady funkcjonowały wówczas jako przedsiębiorstwo państwowe. W 1950 zmieniły nazwę na Warsztaty Mechaniczne Kolei Państwowych nr 12 w Poznaniu, a w 1951 na Zakłady Naprawcze Parowozów i Wagonów nr 12 w Poznaniu. W tym samym roku również zakończono naprawy wagonów towarowych, a w następnym rozpoczęto seryjną produkcję wąskotorowych lokomotyw spalinowych, dlatego nazwa uległa ponownej zmianie na Zakłady Naprawcze Taboru Kolejowego w Poznaniu (w skrócie ZNTK Poznań).