Politechnika i WSP połączyły się, tworząc Uniwersytet Zielonogórski.
W dniach 5–6 listopada 1966 w kościele Matki Bożej Częstochowskiej miały miejsce zielonogórskie obchody Sacrum Poloniae Millenium, którym przewodniczył metropolita krakowski abp Karol Wojtyła, późniejszy papież i święty Kościoła katolickiego Jan Paweł II.
W latach 1975–1998 miasto było siedzibą tzw. „małego” województwa zielonogórskiego.
W 1980 r. liczba mieszkańców miasta przekroczyła 100 tysięcy.
Po 1989 roku W 1992 r. bullą Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae populus, Zielona Góra stała się stolicą diecezji zielonogórsko-gorzowskiej, a dotychczasowy kościół parafialny św. Jadwigi został podniesiony do godności konkatedry.
W 1999 r. miasto stało się siedzibą władz samorządowych utworzonego wówczas województwa lubuskiego.
W 2015 r., po połączeniu gminy Zielona Góra z miastem, Zielona Góra stała się największym miastem województwa lubuskiego i szóstym w Polsce pod względem powierzchni.
W latach 2022–2023 w Zielonej Górze trwały obchody jubileuszu 800-lecia powstania miasta oraz 700-lecia uzyskania praw miejskich.
Tradycje winiarskie mały|Współczesna piwniczka winiarska na Winnym Wzgórzu