Johann Friedrich Meckel młodszy (ur. 17 października 1781 w Halle, zm. 31 października 1833 tamże) – niemiecki anatom.
Życiorys Jego ojciec Philipp Friedrich Theodore Meckel (1756-1803) był profesorem anatomii i położnictwa chirurgicznego na Uniwersytecie w Halle, a jego dziadek Johann Friedrich Meckel także był profesorem anatomii. W 1802 roku ukończył studia medyczne na Uniwersytecie w Halle. W 1808 został mianowany profesorem zwyczajnym anatomii normalnej i patologicznej, chirurgii i położnictwa w Halle, zastępując Justusa Christiana von Lodera wykładał na uczelni do śmierci w 1833 roku.
Po zakończeniu studiów w Niemczech przez pewien czas przebywał w Paryżu, gdzie uczył się u Georges'a Cuviera. W 1810 roku zakończył tłumaczenie pięciotomowego dzieła Cuviera Leçons d’anatomie Comparée na niemiecki. Od 1826 do 1833 był redaktorem czasopisma "Archiv für Anatomie und Physiologie".
Dorobek naukowy Meckel wyznawał poglądy Jeana-Baptisty Lamarcka na ewolucję. Meckel był pionierem na polu teratologii.