Tego samego roku wydali album Modern Lullaby. Tu wznowili nazwę „Martha and the Muffins”, pomimo tego, że jedynym pierwotnym Muffinem biorącym udział oprócz nich był brat Marka, Tim Gane (podobno na „perkusji dodatkowej”). Singel „Rainbow Sign” dotarł na 4. miejsce na liście RPM CanCon To Watch, jednak nie przebił się do „Top 100”. Podobnie było z samym albumem: bez wyniku na listach. Johnson i Gane w obliczu niepowodzenia raczej zaprzestali działać jako grupa i zajęli się innymi projektami muzycznymi/kompozycji filmowej, przez następny szereg lat. Także, w 1992 urodziła im się córka, Eve.
W 1998 Johnson i Gane nagrali nowy utwór „Resurrection” w celu dołączenia go jako premii do wznowienia kompilacji z 1998, albumu Then Again: A Retrospective.
W 1999 nagrali następny utwór przypisany autorstwu Martha and the Muffins, „Do You Ever Wonder?”. Ukazał się on na rozmaitych kompilacjach np. The World According to Popguru.
W maju 1999 Martha and the Muffins zagrali koncertowo „Echo Beach” w ramach programu Open Mike with Mike Bullard.