Busha formalnie odrzuciła ramę „zderzenia cywilizacji", preferując narrację o „wojnie z terroryzmem" jako konflikcie wewnątrz cywilizacji islamskiej, między umiarkowanymi a ekstremistami. Wielu krytyków uważało jednak, że w praktyce polityka zagraniczna USA po 2001 roku potwierdzała logikę zderzenia cywilizacji, niezależnie od oficjalnej retoryki.
Edward Said, Amartya Sen i inni intelektualiści ostrzegali, że popularyzacja tezy Huntingtona sprzyja islamofobii i upraszcza złożone przyczyny terroryzmu.
Odbiór w Polsce W Polsce teoria Huntingtona była dyskutowana w kontekście tradycji polskiej refleksji cywilizacyjnej, przede wszystkim dorobku Feliksa Konecznego. Jan Skoczyński w studium Huntington i Koneczny (2000) przeprowadził systematyczne porównanie obu koncepcji, wskazując zarówno na zbieżności (cywilizacja jako podstawowa kategoria analizy, niemożliwość syntezy cywilizacyjnej), jak i na różnice: Koneczny budował swoją typologię na kategoriach filozoficznych (trójprawo: prawda, dobro, piękno), podczas gdy Huntington operował kategoriami empirycznymi nauk politycznych.