Winą za zamachy obarczono organizację Al-Ka’ida dowodzoną przez Osamę bin Ladena.
29 października 2004 roku arabska telewizja satelitarna Al-Dżazira nadała wystąpienie Osamy bin Ladena, w którym wziął on na siebie odpowiedzialność za zamachy z 11 września 2001 roku i zagroził ich powtórzeniem. Oświadczył, że ataki terrorystyczne na USA to przejaw walki o wolność.
Wojna z terroryzmem Ataki z 11 września były bezpośrednią przyczyną rozpoczęcia tzw. wojny z terroryzmem, której pierwszym etapem był atak na rządzony przez talibów Afganistan, gdzie przebywał Usama ibn Ladin oraz zaostrzenie środków bezpieczeństwa (m.in. na lotniskach) i wprowadzenie w wielu krajach ustaw antyterrorystycznych, które w niektórych przypadkach ograniczają prawa obywatelskie.
Zamach był również przyczyną poważnego kryzysu branży lotniczej i turystyki, pociągnął też za sobą poważne zmiany w procedurach bezpieczeństwa w USA i na całym świecie.
Reakcje międzynarodowe i rządowe Niemalże cały świat przyglądał się fali ataków terrorystycznych w USA. Do Waszyngtonu napływały kondolencje i zapewnienia o gotowości do niesienia pomocy.