Eksploatacja gospodarcza jest wykluczona z wyjątkiem działań, które utrzymują lub wspierają stabilność poszczególnych ekosystemów. Wykluczone jest również wydobywanie wszelkich surowców, jakakolwiek budowa, hodowla zwierząt, organizacja masowych imprez sportowych lub towarzyskich i wszystkie inne aktywności, które w konsekwencji zmieniają elementy przyrody – pokrywę wegetacyjną, faunę, reżim wodny, glebę lub chemizm.
NPR jest tworzony obwieszczeniem Ministerstwa Środowiska. Obecnie istnieje 110 obszarów, najbardziej cenne są np. jeziora Černé i Čertovo na Śumavie, Boubínský prales, Praděd.
Národní přírodní památka
To z reguły obszar o mniejszej powierzchni z celem zachowania pewnych specyficznych obiektów przyrody o wysokiej (narodowej a nawet ponadnarodowej) wartości.
NPP tworzy czeskie Ministerstwo Środowiska poprzez obwieszczenie. Ochrona polega na zakazie takich działań, które mogłyby dany obiekt uszkodzić lub zniszczyć.
Jako NPP ogłoszone są w sumie 102 obszary, np. Kozákov, Zlatý kůň czy Babiččino údolí.
Přírodní rezervace
Przeznaczony jest do ochrony ekosystemów znaczących dla określonego regionu lub obszaru geograficznego. Podstawowe warunki ochrony są takie same jak w przypadku NPR. Přírodní rezervace tworzy się poprzez rozporządzenia urzędu kraju (krajský úřad).