W okresie od marca do sierpnia 1944 roku Mołdawia ponownie została zajęta i wcielona do Związku Radzieckiego jako Mołdawska SRR. Świadkowie Jehowy za odmowę służby w wojsku radzieckim otrzymywali wyroki po 10 lat więzienia. Po wojnie dla Świadków Jehowy rozpoczęły się prześladowania ze strony radzieckich komunistów spowodowane odmową głosowania w lokalnych wyborach partyjnych. W 1947 roku, gdy w Mołdawii panował dotkliwy głód, współwyznawcy z Ukrainy udzielali im pomocy humanitarnej.
6 lipca 1949 roku władze radzieckie zorganizowały deportacje przeszło 4800 Świadków Jehowy oraz innych mieszkańców m.in. do obozów w zachodnich rejonach Syberii. Ponieważ większość uchodźców została wysłana do Kazachstanu, operacja otrzymała nazwę „Południe”.
W 1951 roku z polecenia Józefa Stalina rozpoczęto drugą falę zsyłek w ramach Operacji Północ, która objęła już wyłącznie Świadków Jehowy. Deportowano ponad 720 kolejnych rodzin Świadków Jehowy – 2617 osób, które wysłano do odległego o 4500 kilometrów Tomska na zachodzie Syberii. Pozostało tylko kilkadziesiąt osób, które kontynuowały działalność, zachowując wzmożoną ostrożność.