Część wiązki protonów kierowana jest na tarczę z grafitu produkującą piony, które rozpadają się tworząc miony dostarczane w postaci spinowo spolaryzowanej wiązki do stanowisk z badanymi próbkami materiałów.
Prace badawcze w ISIS ISIS jest zarządzane przez Radę do spraw instalacji naukowych i technologicznych (ang. Science and Technology Facilities Council), czyli działającą przy rządzie brytyjskim radę nadzorującą cywilne instalacje naukowe. Czas pracy ISIS jest dzielony pomiędzy naukowców pochodzących z krajów finansujących ISIS. Dwa razy w roku badacze mogą składać wnioski, które są opiniowane przez szereg specjalistów z różnych dziedzin. Użytkownicy oraz instytucje naukowe, z których pochodzą nie płacą za dostęp do wiązek neutronów. Koszty transportu oraz utrzymania badaczy pokrywane są przez ISIS.
W ISIS prowadzono badania dotyczące struktury nadprzewodników wysokotemperaturowych oraz fulerenów. W roku 2003 rozpoczęto budowę nowego budynku mieszczącego kolejne stanowiska badawcze. Pierwszy raz wiązka neutronów została dostarczona 14 grudnia 2007 roku. Planowane jest wykorzystanie niskoenergetycznych neutronów do badań dotyczących, systemów biologicznych, kompozytów oraz nanotechnologii.