PTPS oraz jego członkowie organizowali i współorganizowali także inne konferencje międzynarodowe, między innymi: International Symposium on Synchrotron Crystallography (SYNCRYS 2001) w Krynicy-Czarnym Potoku w 2001 r. (w randze konferencji satelitarnej European Crystallographic Meeting Kraków ECM-20), E-MRS Fall Meeting, Symposium B, Warszawa (2003), Heart of Crystalography Meeting (HEC-14), Żagań 2011, Multi-Pole Approach to Structural Science, Warszawa (2015), 17th International Conference on X-ray Absorption Fine Structure, Kraków (2018) oraz liczne warsztaty tematyczne. Między innymi w 2001 r. PTPS było współorganizatorem warsztatów Workshop on Extended X-Ray Absorption Fine Structure Analysis w Warszawie, w którym wzięło udział 80 osób, w tym wykładowcy z zagranicy oraz uczestnicy z ośrodków naukowych Warszawy, Krakowa, Poznania, Wrocławia, Lublina, Katowic, Gliwic, Gdańska i Szczecina. Od 2021 roku co dwa lata organizowane są warsztaty XFELs for beginners w Instytucie Fizyki Jądrowej PAN w Krakowie.