W starciu z wzmocnionymi siłami republikańskimi jego wojska, źle wyszkolone i niezdyscyplinowane, nie miały jednak większych szans.
30 lipca 1793 d’Elbée przegrał bitwę pod Luçon, w której dawał swoim żołnierzom przykład osobistej odwagi oraz talentu dowódczego, organizując naprędce odwrót i ratując armię od całkowitego rozbicia. To ostatnie stało się jednak udziałem jego armii po kolejnej klęsce pod Cholet, w której Elbée został ciężko ranny. Wobec niezgody co do jego dalszego losu został przetransportowany do Beaupréau, a następnie do Noirmoutier. Gdy w trzy miesiące później dominacja republikanów w regionie była już bezdyskusyjna, d’Elbée został publicznie rozstrzelany. Jego ciężkie rany uczyniły z niego inwalidę; na miejsce stracenia musiał zostać przyniesiony w fotelu.
W oczach współczesnych i historyków D’Elbée pod wieloma względami był postacią w szeregach Wandejczyków kluczową. To on zamienił zupełnie bezładne szeregi zbuntowanych chłopów we względnie poprawnie funkcjonującą, choć nadal ograniczoną pod względem możliwości, armię. Podziw u jego żołnierzy budziła jego głęboka religijność i odwaga, dzięki którym zyskał przydomek Generała Opatrzności.