W 1637 wymarła dynastia Gryfitów. W 1648 w wyniku pokoju westfalskiego zachodnia część księstwa pomorskiego z Rugią i ujściem Odry przypadła Szwecji, a wschodnia elektoratowi Brandenburgii. Posiadłości szwedzkie z czasem coraz bardziej przechodziły na rzecz przeradzającej się w Prusy Brandenburgii. W 1720 roku Szczecin przeszedł pod władanie Prus, stając się stolicą prowincji Pommern. W 1772, w efekcie I rozbioru Rzeczypospolitej, w granicach Prus znalazło się polskie dotąd Pomorze Gdańskie (z wyjątkiem Gdańska). Prusy objęły całe Pomorze Zachodnie w wyniku kongresu wiedeńskiego w 1815 przejmując ostatnią jego część należącą do Szwecji (Wolgast, Greifswald, Stralsund i Rugię). Po reformie administracyjnej z 1818 roku Pomorze Wschodnie wchodziło w skład prowincji Westpreussen (Prusy Zachodnie), dzielącą się na rejencję gdańską i kwidzyńską. Pomorze Zachodnie tworzyło prowincję Pommern, w skład której wchodziły rejencje szczecińska, stralsundzka i koszalińska. Pomorze zostało podzielone między Polskę i Niemcy w okresie międzywojennym (część polska to głównie ówczesne województwo pomorskie). Istniało również Wolne Miasto Gdańsk. W 1932 roku rejencja stralsundzka została włączona do rejencji szczecińskiej, natomiast w 1938 roku powstała na południu Pomorza Zachodniego nowa rejencja pilska, po likwidacji Marchii Pogranicznej.