W lipcu tego samego roku trafił do angielskiego Stoke City.
Stoke City W lecie 2005 roku ówczesny trener Stoke, Johan Boskamp, kupił go za nieujawnioną kwotę. Otrzymał koszulkę z numerem 2. Swój debiut w nowej ekipie zaliczył 6 sierpnia w zremisowanym 0:0 ligowym spotkaniu z Sheffield Wednesday. Pierwszą bramkę zdobył natomiast 15 października w pojedynku z Derby County. Debiutancki sezon zakończył z 44 ligowymi występami oraz trzema trafieniami, otrzymał również tytuł najlepszego piłkarza drużyny w sezonie 2005/06 według kibiców. W następnym sezonie również był jednym z podstawowych piłkarzy swojej drużyny i wystąpił już w 45 ligowych pojedynkach oraz strzelił dwie bramki. W styczniu 2007 roku Club Brugge wyraziło zainteresowanie nim, jednak Hoefkens pozostał w drużynie Stoke City. W sierpniu tego samego roku przeszedł do West Bromwich Albion. Łącznie w koszulce Stoke City wystąpił 89 razy oraz strzelił pięć bramek.