Aresztowanych osadzono w areszcie MBP, na początku 1950 przeniesiono ich do aresztu Głównego Zarządu Informacji, tam przesłuchiwani tzw. konwejerem. Dzięki zeznaniom, od lata 1951 do 1954 w tzw. procesach tatarowskich oskarżono 93 oficerów o udział w „spisku w wojsku” oraz „szpiegostwo”. 38 skazano na śmierć (18 później zamieniono na dożywotnie więzienie), pozostałych na wieloletnie więzienie, tylko jednego uniewinniono. Utnik w 1951 w tzw. procesie „TUN” skazany na karę piętnastu lat więzienia. Przez siedem lat był więziony w Rawiczu, Wronkach i Strzelcach. W ramach odwilży w 1956 został zwolniony.
Po wyjściu z więzienia nie powrócił do służby wojskowej i pracował jako geodeta, aż do przejścia na emeryturę w 1965. W 1994 wystąpił w filmie dokumentalnym Krzysztofa Langa pt. Powstanie warszawskie 1944.
Marian Utnik był szwagrem Gustawa Herlinga-Grudzińskiego i Maurycego Herlinga-Grudzińskiego.