Według analizy Parkera i Bartona Turfanosuchus tworzy nierozwikłaną politomię z kladem Archosauria oraz z gatunkami Chanaresuchus bonapartei (z rodziny Proterochampsidae), Vancleavea campi, Doswellia kaltenbachi i być może również Euparkeria capensis; według analizy Dilkesa i Suesa Turfanosuchus był taksonem siostrzanym do kladu obejmującego archozaury i rodzaj Yonghesuchus, zaś według analizy Desojo, Ezcurry i Schultza był on taksonem siostrzanym do kladu obejmującego archozaury i Yonghesuchus lub najbardziej bazalnym przedstawicielem rodziny Doswelliidae (na drzewie ścisłej zgodności Turfanosuchus jest w nierozwikłanej trychotomii z Doswelliidae oraz z kladem obejmującym archozaury i Yonghesuchus). Jednak według analizy kladystycznej Ezcurry, Lecuony i Martinellego (2010) Turfanosuchus był archozaurem z kladu obejmującego taksony bliżej spokrewnione z krokodylami niż z ptakami (Ezcurra i współpracownicy używają na określenie tego kladu nazwy Pseudosuchia;