W latach 1949–1950 miał miejsce kolejny remont cerkwi parafialnej, podczas którego świątynia otrzymała nowe dzwony, w miejsce zabranych przez Niemców w 1943. W 1951 parafię odwiedził metropolita Warszawy i całej Polski Makary. W 1958 odnowiono wnętrze cerkwi św. Barbary. Teren po dawnej cerkwi św. Mikołaja (rozebranej w 1887) ogrodzono i postawiono na nim krzyż – corocznie w uroczystość Przeniesienia Relikwii (22 maja) odbywa się na to miejsce procesja i odprawiany jest molebień. W 1960 założono nowy cmentarz prawosławny w Milejczycach (przy rozwidleniu dróg na Klukowicze i Rogacze).
W latach 70. XX w. zbudowano nową plebanię, wykonano nowe ogrodzenie wokół cerkwi parafialnej oraz odnowiono ikonostasy i ikony w obydwu cerkwiach. W 1996 wzniesiono na nowym cmentarzu prawosławnym murowaną cerkiew pod wezwaniem św. Apostoła Tomasza.
W latach 2012–2013, przy wykorzystaniu środków z Unii Europejskiej, cerkiew parafialna została gruntownie wyremontowana (m.in. wymieniono dach, oszalowanie, wykonano nową stolarkę okienną i drzwiową). W trakcie prac odnaleziono dokument erekcyjny z 22 czerwca 1899. Renowację wnętrza przeprowadzono w latach 2013–2014.
Od lat 90. XX w.