Dokonania badawcze Badacz zagadnień narodowościowych, szczególnie w odniesieniu do Europy Środkowej i Wschodniej (m.in. pogranicze polsko-litewsko-białoruskie)M. Kowalski, Wileńszczyzna jako problem geopolityczny w XX wieku, w: Eberhardt P. (red.) Problematyka geopolityczna Ziem Polskich, Prace Geograficzne 218, IGiPZ PAN, Warszawa 2008, s. 267-296, https://rcin.org.pl/Content/130/WA51_228_r2008-t218_Prac-Geogr.pdfM. Kowalski, Ludność polska w wieloetnicznych regionach Litwy, Łotwy i Białorusi. – Studia z Geografii Politycznej i Historycznej 2013, 2 – s. 205-237.
Badacz geografii wyborczej (m.in. rozprawa doktorska), w ramach której zaproponował koncepcję cywilizacyjno-kulturowego rozłamu w ramach polskiego społeczeństwa, jako głównego czynnika warunkującego konflikt polityczny w Polsce po 1989. Przy wyjaśnianiu problemu wykorzystał koncepcje Feliksa Konecznego i Samuela P. HuntingtonaKowalski Mariusz: Geografia wyborcza Polski. Przestrzenne zróżnicowanie zachowań wyborczych Polaków w latach 1989-1998. Warsaw: PAN IGiPZ, 2000 https://rcin.org.pl/Content/30322/WA51_44619_r2000-vol7_Geopolitical-Studies.pdfSobczyński M. – Historia polskiej geografii politycznej [w:] Jackowski A., Liszewski S., Richling A. (red.), Historia geografii polskiej, Komitet Nauk Geograficznych PAN, PWN, Warszawa 2008, s.