W 2001 przeniósł się do drugoligowej Alemannii Aachen. W sezonie 2003/2004 dotarł z klubem do finału Pucharu Niemiec, w którym Alemannia przegrała 2:3 z Werderem Brema. W 2004 odszedł do zespołu ligowego rywala – MSV Duisburg. W sezonie 2004/2005 awansował z klubem do Bundesligi. 21 września 2005 w przegranym 2:3 spotkaniu z Herthą Berlin zdobył swoja pierwszą bramkę w Bundeslidze. W sezonie 2005/2006 spadł z klubem do 2. Bundesligi, ale w następnym ponownie awansował z nim do wyższej ligi. Sezon 2007/2008 zakończył się kolejnym spadkiem MSV do 2. Bundesligi. Na tym szczeblu Grlić występował do końca kariery w 2011.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1997/98 SC Fortuna Köln 2. Bundesliga 28 4 1998/99 32 2 1999/00 24 3 2000/01 1. FC Köln Bundesliga 2 0 2001/02 Alemannia Aachen 2. Bundesliga 25 2 2002/03 32 5 2003/04 32 7 2004/05 MSV Duisburg 31 3 2005/06 Bundesliga 13 1 2006/07 2. Bundesliga 24 7 2007/08 Bundesliga 28 5 2008/09 2. Bundesliga 25 3 2009/10 26 5 2010/11 20 3Łącznie w Bundeslidze 43 6Łącznie w 2. Bundeslidze 299 45