Jednocześnie zakon jako wykrystalizowana już organizacja rycerska niezależna od biskupa pruskiego Chrystiana stanowił dla tego ostatniego poważną konkurencję. Późniejsze porozumienia Chrystiana z krzyżakami nie oznaczały poddania się tych ostatnich jego woli. Wręcz przeciwnie, zakon z pomocą zwłaszcza legata papieskiego Wilhelma z Modeny podważał stanowisko biskupa pruskiego, aż w końcu udało mu się przejąć kontrolę nad misją w Prusach, Chrystianowi pozostawiając tylko jedno z trzech biskupstw utworzonych na terenie Prus, które miał sobie wybrać (czego nie zdążył już zrobić, gdyż nagle zmarł).