zarówno w przypadku działania czynników abiotycznych np. susza, chłód, zasolenie podłoża, jak i czynników biotycznych takich jak atak patogenów.
Fizjologiczna funkcja alternatywnej drogi oddechowej Najbardziej znanym efektem działania alternatywnej drogi oddechowej jest wydzielanie ciepła podczas kwitnienia niektórych roślin z rodziny Araceae (obrazkowate), a także u przedstawicieli sagowcowatych, lotosowatych oraz grzybieniowatych. Dzięki rozpraszaniu ciepła podczas przenoszenia elektronów na oksydazę alternatywną, kwiaty tych roślin mogą osiągać temperaturę o 14 °C wyższą od otoczenia. Podniesienie temperatury kwiatów zwiększa wydzielanie substancji lotnych przywabiających owady.
Powszechność występowania w mitochondriach roślin oksydazy alternatywnej wskazuje, że termogeneza nie jest jedyną funkcją tego enzymu. Zwiększona ekspresja genu oksydazy alternatywnej w warunkach niskiej temperatury lub suszy wskazuje na udział enzymu w przeciwdziałaniu niekorzystnym skutkom stresu. W warunkach stresowych oddychanie mitochondrialne ulega zahamowaniu, a niemal cały ubichinon pozostaje w stanie zredukowanym. Nadmierna redukcja ubichinonu prowadzi do powstawania reaktywnych form tlenu. Utlenianie ubichinonu przez oksydazę alternatywną może zapobiegać powstawaniu wolnych rodników i chronić mitochondria przed uszkodzeniem.