zaburzenia neurologiczne i dotyczące mózgowia: spowolniony wzrost głowy skutkujący małogłowiem (większość chorych rodzi się z prawidłowym lub tylko nieznacznie obniżonym obwodem głowy), do pierwszego roku życia obwód głowy spadać może do 7 SD poniżej średniej leukodystrofia występująca u 75–100% chorych; ogniska hipodensji szczególnie dobrze uwidacznia obrazowanie metodą rezonansu magnetycznego w projekcji T2 (dość typowe są one w okolicach rogów przednich komór mózgu) zwapnienia w obrębie mózgowia, w szczególności w obrębie jąder podstawnych. Zwapnienia te zwykle nie narastają lub w większości przypadków nie narastają szybko, poza pierwszymi momentami choroby, czasem w pierwszych badaniach nie wykrywa się zwapnień; nasilenie jest różne nawet wśród rodzeństwa z AGS. Intensywność zwapnień zwykle nie koreluje z ciężkością zaburzeń neurologicznych; znane są również przypadki zespół Aicardiego-Goutièresa bez zwapnień śródczaszkowych. Występują one zarówno jako zwapnienia punktowe, jak i zwapnienia wokół niewielkich naczyń mózgowych wraz z towarzyszącą im mikroangiopatią.