Do wybuchu rewolucji francuskiej ukończono jedynie część świątyni. 30 grudnia 1791 Zgromadzenie Narodowe nakazało wstrzymanie prac budowlanych, a w 1794 plac budowy został podzielony na działki i wynajęty osobom prywatnym. W czasie rewolucji padło również kilka propozycji zmiany przeznaczenia obiektu i dokończenia jego budowy: proponowano m.in. umieszczenie w nim siedziby Konwentu Narodowego, biblioteki lub opery. Ostatecznie żaden z tych planów nie został zaaprobowany.
Prace budowlane zostały wznowione dopiero w 1806, kiedy Napoleon Bonaparte zdecydował dekretem z 2 grudnia o wzniesieniu świątyni ku chwale armii francuskiej. Rozpisany został nowy konkurs na projekt, a prace budowlane rozpoczęte od nowa, po uprzednim zburzeniu wszystkich wykonanych do tej pory elementów. Po przegranej kampanii rosyjskiej w 1812 Bonaparte sam zrezygnował jednak z wymyślonego przez siebie przeznaczenia budynku.