Brian Wilson w dzieciństwie i przez wiele lat dorosłego życia był upokarzany i terroryzowany przez ojca (który był pierwszym menedżerem zespołu). W wieku 14 lat zaczęły się u niego pojawiać napady lęku – w wyniku traumy uciekał w późniejszym czasie w narkotyki i jedzenie. Cierpiał na zaburzenia schizoafektywne oraz łagodną formę choroby afektywnej dwubiegunowej od lat 60. Choroba uaktywniła się w czasach największej popularności The Beach Boys, kiedy to artysta zaczął eksperymentować z psychodelikami i miała znaczny wpływ na twórczość grupy. W 1984 zdiagnozowano u niego schizofrenię paranoidalną. Kariera Wilsona była wielokrotnie przerywana przez konieczność leczenia, jednak wciąż pozostawał aktywnym muzykiem i dawał koncerty zarówno solowe, jak i okazjonalnie z zespołem The Beach Boys.
W 1964 ożenił się z Marilyn Rovell, z którą miał dwie córki, Carnie (ur. 29 kwietnia 1968) i Wendy (ur. 16 października 1969). Para rozwiodła się w 1979https://web.archive.org/web/19980630153958/http://www.petsounds.com/mojo1.pdf.. W 1986 poznał Melindę Kae Ledbetter (zm.