W związku z jego zatrzymaniem działalność Fundacji Rodziny Madoff została zawieszona, wiele organizacji charytatywnych, między innymi Fundacja Lappina, zostało czasowo zamkniętych. Swoje środki finansowe ulokowane w firmie Madoffa straciła też fundacja Elie Wiesela.
Proces i wyrok 11 grudnia 2008 Federalne Biuro Śledcze, po otrzymaniu dzień wcześniej od jego synów Andrew i Marka informacji o nadużyciach, zatrzymało Bernarda Madoffa. Pięć dni później Madoff usłyszał zarzuty nadużyć finansowych na kwotę 50 miliardów dolarów amerykańskich.
29 czerwca 2009 Bernard Madoff został skazany przez sędziego Denny’ego China na karę 150 lat pozbawienia wolności. Była to maksymalna możliwa kara. Ten wyrok de facto oznaczał dla Madoffa karę dożywotniego pozbawienia wolności, ponieważ według federalnych przepisów prawa, skazany musi odbyć przynajmniej 85% kary i dobrze się sprawować, aby móc ubiegać się o przedterminowe zwolnienie. Madoff stworzył największą piramidę finansową na świecie. Główną przyczyną tak wysokiej kary było oszukanie inwestorów na łącznie 65 miliardów dolarów. Przed ogłoszeniem wyroku Madoff okazywał skruchę. Mówił, że popełnił „straszliwy błąd” i przepraszał swe ofiary, z których wiele obecnych było na sali sądowej, konstatując zarazem: „Wiem, że nic wam to nie pomoże”.