Muzeum Geologiczne Instytutu Nauk Geologicznych PAN w Krakowie – muzeum geologiczne mieszczące się w krakowskim ośrodku badawczym Instytutu Nauk Geologicznych Polskiej Akademii Nauk.
Historia Zbiory geologiczne muzeum gromadzone były od roku 1865, początkowo przez Komisję Fizjograficzną przy Towarzystwie Naukowym Krakowskim, następnie przez Dział Geologiczny Akademii Umiejętności, a od 1921 roku przez Muzeum Przyrodnicze PAU. W 1954 roku po utworzeniu PAN część zbiorów znalazła się w Pracowni Geologiczno-Stratygraficznej, z której wywodzi się dzisiejsze muzeum.
Siedziba Muzeum mieści się w budynkach przy ulicy Senackiej 1 i 3, sąsiadując z muzeum archeologicznym.
W miejscu tym od początku XVII wieku znajdowały się zabudowania klasztoru i kościoła św. Michała należące do zakonu karmelitów bosych. W 1797 karmelici zostali przeniesieni do Czernej koło Krzeszowic. Zabudowania klasztorne zamieniono na więzienie. W roku 1872 rozebrano kościół, tworząc na jego miejscu siedzibę sądu karnego.
W budynku, w którym mieści się muzeum, odbywał się w 1880 roku pierwszy masowy proces socjalistów polskich. Głównym oskarżonym w tym procesie był Ludwik Waryński. Informuje o tym tablica wmurowana w ścianę budynku w 70.