Odtąd więcej czasu przeznaczał na sprawy ogólnodiecezjalne: wizytacje parafii oraz nadzorowanie działalności instytucji i organizacji kościelnych, w szczególności Akcji Katolickiej i Caritas.
Po śmierci biskupa Franciszka Lisowskiego 5 czerwca 1939 został wybrany na wikariusza kapitulnego, natomiast 24 czerwca 1940 papież Pius XII mianował go administratorem apostolskim diecezji. Pomimo utrudnień ze strony okupanta podtrzymał funkcjonowanie seminarium duchownego, wyświęcając na kapłanów studentów kilku roczników. Zatrudniał księży wysiedlonych z Wielkopolski i Pomorza, a także przybyłych ze wschodu. Podejmował starania o zorganizowanie duszpasterstwa osadzonych w więzieniu w Nowym Wiśniczu i obozie w Pustkowie. Mimo gróźb funkcjonariuszy gestapo nie uległ żądaniom zwołania księży w celu zalecenia im ostrożności przed przystępowaniem do akcji niepodległościowych.
Nie należał do komisji stałych Konferencji Episkopatu Polski. W 1931 był członkiem zespołu opracowującego uchwały synodu plenarnego w Częstochowie w sprawie miejsc świętych i kultu bożego.