W trakcie studiów jeden z pracowników naukowych uczelni namówił Ruppina do wzięcia udziału w konkursie i napisania pracy na temat eugeniki. Napisał artykuł „Darwinizm a nauki społeczne”, który zdobył drugie miejsce w konkursie. Wygrane w ten sposób 6000 marek przekazał bratu i siostrze, aby otworzyli własną działalność gospodarczą. Nagroda ta otworzyła Ruppinowi wrota do niemieckiego społeczeństwa. W kolejnych latach napisał kilka artykułów na temat eugeniki. W latach 1902–1907 pracował jako prawnik i mocno odczuł siłę antysemityzmu. Spowodowało to, że zaczął zastanawiać się nad sposobem rozwiązania kwestii żydowskiej w Niemczech. Już w 1902 roku napisał pierwszy artykuł o ogólnej demografii niemieckich Żydów i stosunkach z Niemcami. Został on opublikowany w czasopiśmie naukowym. W 1903 roku odwiedził Galicję, zbierając dane antropologiczne o tamtejszych społecznościach żydowskich. W 1904 roku przeprowadził się do Berlina i rozpoczął pracę w Żydowskim Instytucie Statystycznym utworzonym przez Alfreda Nossiga. Wkrótce został mianowany dyrektorem Instytutu. W tym samym roku opublikowano wyniki jego badań socjologicznych nad współczesnymi Żydami.