W 1929 porzucił inspiracje poglądami nieżyjącego już Steinera, oskarżając go o uleganie wpływom żydowskim. W grudniu 1931 wstąpił do NSDAP. Po objęciu władzy w Niemczech przez nazistów w 1933 wystąpił w różnych miastach z cyklem wykładów o spisku masońskim, żydostwie i rewolucji w Rosji. 10 kwietnia 1935 został członkiem SS w stopniu SS-Hauptsturmführera. Wkrótce stanął na czele 1. oddziału (masoneria) V wydziału SD. Jednocześnie objął funkcję kuratora berlińskiego muzeum masonerii. 12 października 1935 został skierowany do rezerwy Allgemeine SS w stopniu SS-Obersturmbannführera. W 1942 otrzymał tytuł honorowego profesora SS. 1 czerwca 1944 został oficerem w sztabie XXI Okręgu Allgemeine SS, od 4 listopada tego roku jako SS-Standartenführer. Gregor W. Schwartz-Bostunicz był jedynym obcokrajowcem w SS noszącym tak wysoki stopień. Pod koniec wojny przebywał na Śląsku, skąd – wobec ofensywy Armii Czerwonej – zbiegł do zachodnich Niemiec, gdzie poddał się Amerykanom. Jego dalsze losy są nieznane.