W dniach 9–11 lipca 1800 Karpowicz przejął erem w Wigrach od kamedułów, którzy musieli opuścić go zgodnie z wolą rządu pruskiego i udali się do klasztoru kamedułów na Bielanach w dzisiejszej Warszawie. Z rozległych dóbr zakonnych nowemu biskupowi pozostawiono niewiele ponad 4 włóki ziemi. Bp Karpowicz zachował jednak probostwo w Grażyszkach, skąd prowadził korespondencję biskupią.
Rezydencja biskupia została umieszczona w budynku nazywanym dziś Domem Królewskim, przylegającym do południowo-zachodniego narożnika tarasu górnego. Przebudowano także wnętrze kościoła pokamedulskiego, podniesionego do rangi katedry. W celu powiększenia prezbiterium ołtarz główny został przesunięty ku ścianie wschodniej, zaś dawny chór zakonny zlikwidowano. W zamian wybudowano chór muzyczny, występujący na nawę, przy ścianie elewacji frontowej.
Na terenie diecezji istniało seminarium duchowne w Tykocinie, którego pięciu alumnom bp Karpowicz udzielił święceń w latach 1801–1803. W samych Wigrach seminarium nie zaistniało, aczkolwiek niektórzy alumni z Tykocina kilka ostatnich miesięcy przed święceniami spędzali w Wigrach, gdzie mogli odbywać studia końcowe.